Chemistry
Материал из ALT Linux Wiki
(Различия между версиями)
(Новая: == Список программ, необходимый людям химических специальностей == ==== Рисование химических формул ==== ...) |
|||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
| - | + | = Список программ, необходимый людям химических специальностей = | |
| - | + | === Рисование химических формул === | |
Замечательный обзор по этим программа приведен [http://groundstate.ca/chemdraw здесь]. | Замечательный обзор по этим программа приведен [http://groundstate.ca/chemdraw здесь]. | ||
| Строка 7: | Строка 7: | ||
* Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus'е] | * Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus'е] | ||
| - | + | ''Планируется добавить'': | |
| + | |||
* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изьяны. | * [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изьяны. | ||
| + | === Обработка экспериментальных данных === | ||
| + | * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot Qtiplot] - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin. | ||
| + | * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot gnuplot] - класика, а значит стоит обратить внимание. | ||
| + | * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace grace] - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей. | ||
| + | |||
| + | === Конвертирование форматов файлов === | ||
| + | * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel openbabel] - все в дной программе. | ||
| + | |||
| + | === Визуализация молекул === | ||
| + | * Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus'е] | ||
| + | * povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus'е] | ||
| + | * gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus'е] | ||
| + | * wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus'е] | ||
| + | |||
| + | ''Планируется добавить'': | ||
| + | |||
| + | * [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden] - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей. | ||
| + | * [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D] - презентабельные растровые изображения для публикации. | ||
| + | === Структурный нализ === | ||
| + | * Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Интсрумент №1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus'е] | ||
| + | ''Планируется добавить'': | ||
| - | + | * Консольные spgr, [http://cci.lbl.gov/sginfo/ sginfo], mergehkl - кристаллографу то что надо. | |
| + | * [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ Encifer] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ Mercury] - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии. | ||
| + | * [http://www.olex2.org/ Olex2] - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. | ||
Версия 08:16, 10 февраля 2009
Содержание |
Список программ, необходимый людям химических специальностей
Рисование химических формул
Замечательный обзор по этим программа приведен здесь.
- chemtool (наиболее стабильная(!) и дотаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus'е
- Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus'е
Планируется добавить:
- BKChem. Написана на python, есть небольшие изьяны.
Обработка экспериментальных данных
- Qtiplot - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
- gnuplot - класика, а значит стоит обратить внимание.
- grace - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей.
Конвертирование форматов файлов
- openbabel - все в дной программе.
Визуализация молекул
- Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus'е
- povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus'е
- gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus'е
- wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus'е
Планируется добавить:
- molden - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.
- Raster3D - презентабельные растровые изображения для публикации.
Структурный нализ
- Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Интсрумент №1 кристаллографа. Есть в Sisyphus'е
Планируется добавить:
- Консольные spgr, sginfo, mergehkl - кристаллографу то что надо.
- Encifer и Mercury - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
- Olex2 - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
