Chemistry
Материал из ALT Linux Wiki
(Различия между версиями)
(→Рисование химических формул) |
м (нет такого example.ogg; это не "пользователю" вообще, а именно спец-; catnav добавляет cat) |
||
| (54 промежуточные версии не показаны) | |||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
| - | + | {{span|font-size: 200%|Химические программы}} | |
| + | ---- | ||
| + | См. также соответствующий раздел [http://www.sai.msu.su/sal/Z/2/ Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry]; для присутствующих [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/packages/Sciences/Chemistry в Sisyphus] пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ. | ||
| - | + | == Рисование химических формул == | |
| - | Замечательный обзор по этим | + | Замечательный обзор по этим программам приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь]. |
| - | * | + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/chemtool chemtool]''' — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа. |
| - | * | + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/xdrawchem xdrawchem]''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice. |
| - | + | === Планируется добавить === | |
| + | * [http://bkchem.zirael.org/index.html '''BKChem'''] — написана на python, есть небольшие изъяны. | ||
| - | * [http:// | + | == Обработка экспериментальных данных == |
| + | * [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии). | ||
| + | * [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется. | ||
| + | * [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/grace '''grace'''] — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. [ftp://ice.spb.ru/pub/articles/grace_Tutorial.html.zip Перевод учебника на русский язык] и [ftp://ice.spb.ru/pub/articles/grace_simple_regression.odt Пример регрессионного анализа] | ||
| - | == | + | == Конвертирование форматов файлов == |
| - | * [http:// | + | * [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/openbabel '''openbabel'''] — всё в одной программе. |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | == | + | == Визуализация молекул == |
| - | * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/ | + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/RasMol RasMol]''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. |
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/povray povray]''' — презентабельные растровые изображения для публикации. | ||
| + | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/p5/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое (p5). | ||
| + | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/p5/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий (p5). | ||
| + | * '''[http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac (2009/02/14). | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/pymol PyMOL]''' - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул ''(надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти)''. | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/avogadro Avogadro]''' - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях. | ||
| - | === | + | === Планируется добавить === |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | ' | + | * '''[http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D]''' — презентабельные растровые изображения для публикации. |
| - | * [http:// | + | == Структурный анализ == |
| - | * [http:// | + | * ''' [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/platon Platon]''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа. |
| + | * ''' [http://ewald.ac.chemie.uni-goettingen.de/shelx/ ShelXle]''' — Графический интерфейс к пакету '''[http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ SHELX-97]''', написанный с использованием Qt4. | ||
| - | === | + | === Планируется добавить === |
| - | * | + | * Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''] (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), '''mergehkl''' — кристаллографу то, что надо. |
| + | * [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии. | ||
| + | * [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия '''[http://cctbx.sourceforge.net/ cctbx]''', который не поддаётся правильной упаковке в rpm. | ||
| - | '' | + | == Разное == |
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gperiodic GPeriodic]''' — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева) | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/kdegames KAtomic]''' (также в версии [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/kde4games для KDE4]) — образовательная программа на манер Sokoban | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs GROMACS]''' — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs-gui GUI для GROMACS]''', а также [http://aleks37.blogspot.com/2010/11/gromacs.html Моделирование в GROMACS (практическое руководство)] | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/xmolwt xmolwt]''' — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для ALT Linux взят [http://www.ogion76.name/home/misc здесь]) | ||
| + | * '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/mmcalc MMCalc]''' — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант) | ||
| - | + | [[Категория:Специализированный софт]] | |
| - | + | {{Category navigation|title=Специализированный софт|category=Специализированный софт|sortkey={{SUBPAGENAME}}}} | |
| - | + | ||
Текущая версия на 12:58, 29 июня 2015
Химические программы
См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.
Содержание |
Рисование химических формул
Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.
- chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
- xdrawchem — немного напоминает коммерческий ChemOffice.
Планируется добавить
- BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.
Обработка экспериментальных данных
- Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии).
- gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
- grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа
Конвертирование форматов файлов
- openbabel — всё в одной программе.
Визуализация молекул
- RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
- povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
- gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое (p5).
- wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий (p5).
- molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac (2009/02/14).
- PyMOL - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул (надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти).
- Avogadro - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.
Планируется добавить
- Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.
Структурный анализ
- Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
- ShelXle — Графический интерфейс к пакету SHELX-97, написанный с использованием Qt4.
Планируется добавить
- Консольные spgr, sginfo (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), mergehkl — кристаллографу то, что надо.
- Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
- Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия cctbx, который не поддаётся правильной упаковке в rpm.
Разное
- GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
- KAtomic (также в версии для KDE4) — образовательная программа на манер Sokoban
- GROMACS — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. GUI для GROMACS, а также Моделирование в GROMACS (практическое руководство)
- xmolwt — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для ALT Linux взят здесь)
- MMCalc — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)
